総裁Xに率いられた謎の秘密結社ギャラクターが、最高幹部ベルク・カッツェを先頭に、世界征服に乗り出した。国際科学技術庁の南部博士は、大鷲の健、コンドルのジョー、白鳥のジュン、燕の甚平、みみずくの竜から成る「科学忍者隊　ガッチャマン」を組織し、ギャラクターと対決する！

前作最終回で死んだ「コンドルのジョー」に変わり、新たなメンバーを加えて再登場した「ガッチャマン」。平和な世界も、「総裁Ｘ」の再来襲で混乱に陥る。そんな中、新メンバーが敵のスパイだった事が発覚、そのピンチを救ったのは死んだはずのジョーだった！コンドルのジョーはサイボーグ手術を受け、蘇ったのだった。今まで戦ったメンバーが揃い、新たな敵との激しい戦いが始まる。

「II」に続く、完結作。「総裁Ｘ」に代わり、「総裁Ｚ」が地球征服を開始する。本作は、今までの２作から大幅にリニューアルしている。第１に、「ゴッドフェニックス」に代わる「ガッチャスパルタン」は、５機のマシンが合体して完成する。（今までの様な、Ｇ－５号機や本体に収納されるのでは無く、３角形に合体する。）第２に、必殺技が「火の鳥」ではなく「合体後に剣を持った大鷲の健が、１号機の上に立った状態で発射する」という荒業に変更。

完全に滅びたと思われた総裁Xが、総裁Zとして甦った。Zはエゴボスラー伯爵とその部下達を従え新たに"ネオ・ギャラクター"を結成し、鉄獣を送り込んでくる。科学忍者隊はガッチャ1号から5号までが合体し誕生した新たなメカ、"ガッチャスパルタン"、そして健が持つフェンサーで立ち向かう・・

倒したはずの総裁Ｘが、総裁Ｚとなって蘇る。ギャラクターを崇拝するエゴボスラーファミリーの首領エゴボスラーは、ギャラクターを継承して忍者隊に挑む。Ｘとの戦いで傷ついた忍者隊だったが、新メカ・ガッチャスパルタンを駆り三度地球の存亡を賭けて戦いに挑む・・